Если дроссель поставить параллельно, то прямая с резким провалом на низких частотах.
Как именно подключить для правильного замера?

это зависит от того, что именно хотите измерить. И то и то - правильно.
ТО что ВЫ показали, это для оценки развязки между узлами, для оценки поведения в параллельном (!) LC-контуре.

Если измерить параллельно , то это про оценке повлияния на линию передачи от узла А к узлу Б , например, при подаче питания через этот дроссель.

Нужно потери замерять, восимые дросселем.

Подскажите, как соединены оплётки и жилы пигтейлов и как автор подключился дросселем?
Прямо по ссылке с этой секунды: https://youtu.be/9IHbLxrzCCI?t=182

Вроде на видео видно, что оплетка к оплетке, дроссель к центральным жилам. Да и по смыслу для измерения attenuation так подключается.